Über die letzten Jahrhunderte wurden die zahlreichen weiteren Sammlungen Schritt für Schritt im Haus untergebracht und die ursprünglich als chirurgische Akademie eingerichtete Institution in ein Museum und eine Forschungs- und Lehrstätte für Medizingeschichte verwandelt. 

Bereits seit der Gründung des Josephinums im Jahr 1785 war die Wachsmodellsammlung für eine breitere Öffentlichkeit zugänglich, auch wenn sie primär für den Unterricht angeschafft worden war. In diesem Sinne sieht sich das Josephinum auch heute nicht als Museum im strengen Sinn, sondern als lebendigen Ort, dessen Sammlungen ständig wachsen, neu interpretiert werden und weiterhin sowohl der Lehre und Forschung, als auch der Öffentlichkeit zur Verfügung stehen.